El 28 de febrero de 1844 se instaló una Junta Gubernativa en la que tanto Mella como Sánchez, además de Tomás Bobadilla, figuraron como miembros y quienes firmaron una capitulación con las autoridades haitianas para que estas abandonaran el territorio nacional.
Con el objeto de agilizar los pronunciamientos en otras comarcas de la parte española, el gobierno envió a Mella a Santiago, en calidad de Delegado de la Junta Central Gubernativa y Gobernador de la ciudad, para que organizara la defensa militar de la región frente a la amenaza de una invasión haitiana.
Una vez en Santiago, Mella trabajó arduamente en la preparación de la defensa de la ciudad, al tiempo que llevó a cabo una efectiva campaña proselitista en favor de Duarte -quien regresó al país a mediados de marzo- para que fuera elegido presidente de la República.
Por desgracia, las pugnas internas entre liberales y conservadores, principalmente fundamentadas por diferencias en la política exterior del nuevo gobierno, degeneraron en el triunfo político y militar de los adversarios del partido trinitario, cosa que acarreó el que a mediados de 1844 tanto Duarte, como Sánchez, Mella, Pina, Pérez y otros compañeros de lucha, fueran apresados y deportados del país a perpetuidad en agosto del mismo año.
Ramón Matías Mella, parte 1
Paradoja del destino. Quienes poco tiempo atrás habían sido los libertadores del pueblo dominicano, ahora eran tratados como criminales vulgares, ¡acusados nada menos que de traidores a la Patria! Durante cuatro años vivió Mella en el exilio, y solo pudo regresar en 1848, luego de una amnistía política promulgada por el nuevo presidente de la República, Manuel Jimenes.
Había decidido dedicarse a negocios particulares, pero en julio de 1849 las delicadas circunstancias que vivió la joven nación dominicana, debido a la invasión haitiana encabezada por el emperador Faustino Soulouque, lo compelieron a abandonar su aislamiento y de nuevo puso su espada al servicio de la Patria, incorporándose al ejército que comandaba el General Santana, y en donde adquirió singular brillo defendiendo la independencia nacional, tanto en los choques bélicos escenificados en la frontera como en la batalla de Las Carreras.
Durante la primera administración de Buenaventura Báez ocupó, por breve tiempo, el ministerio de Hacienda y Comercio –equivalente a la actual Secretaría de Finanzas–, pero luego decidió retirarse a su hogar en Puerto Plata. No obstante, uno de los servicios más importantes que Mella prestó al país fue la Misión Especial que se le confió en 1854 para que gestionara en España el reconocimiento de la independencia dominicana por parte de las autoridades de ese país.
Durante la segunda gestión gubernativa del general Pedro Santana, Mella fue designado Ministro Plenipotenciario y Enviado Extraordinario en Misión Especial ante el gobierno de España. Su misión diplomática duró aproximadamente seis meses.
Se ha sostenido que algunos funcionarios españoles trataron de convencer al prócer de La Misericordia para que, en vez de España reconocer la independencia dominicana, aceptara la modalidad del protectorado para el país; proposición deleznable que Mella, nacionalista e independentista a carta cabal, rechazó tajantemente.
A finales de mayo de 1854 Mella decidió retornar al país, no sin antes en carta de despedida al Conde de San Luis, a la sazón Presidente del Consejo de Ministros del reino de España, dejar constancia de la renuencia del gobierno español a reconocer la independencia dominicana:
“Negado por España el reconocimiento de la independencia de la República; es decir negado todo lo que hoy haría de seguro imposible o frustránea la invasión haitiana, sólo me resta acudir al punto de peligro a consagrar a mi Patria y a mi familia los servicios que les debo como ciudadano, como soldado y como padre.
El caso es grave y urgente; no hay tiempo que perder; y los días que aquí paso fuera de los míos, son siglos dilatados y eternos para mi justa cuanto dolorosa impaciencia”.
Otra de las facetas más fascinantes de Ramón Matías Mella lo constituye su brillante trayectoria militar. Fue uno de los principales responsables de la defensa de Santiago, en el mes de marzo de 1844, que permitió a los santiaguenses enfrentar exitosamente a las huestes haitianas que dirigía el General Pierrot. Participó activamente en el resonante triunfo de Las Carreras, en donde fungió como secretario particular del General Santana.
En 1855 fue designado Ministro de Guerra y Marina, cargo equivalente al de Secretario de Estado de las Fuerzas Armadas. En ese momento Mella era Comandante de Armas en Puerto Plata, pero sin exteriorizar razones por su decisión, declinó aceptar tan elevada distinción.
Cuando el 7 de julio de 1857 se inició en Santiago la revolución contra Buenaventura Báez, quien con sus desaciertos económicos condujo al país al umbral de una hecatombe financiera, Mella fue de los primeros en incorporarse a ese movimiento de orientación liberal y neoduartista.
En esa famosa contienda civil, Mella consolidó su inmenso prestigio militar con la audaz toma de la plaza de Samaná, que dirigió personalmente a principios de mayo de 1858. Por esa acción heroica mereció uno de los recibimientos más brillantes y jubilosos que le dispensó el pueblo de Santiago, encabezado por el entonces presidente del Gobierno Revolucionario, José Desiderio Valverde.
En enero de 1861 se opuso públicamente al proyecto de anexión a España en el curso de una reunión promovida por el presidente Pedro Santana. Tal posición provocó que fuera apresado durante 72 días, confinado en la Torre del Homenaje (actual Fortaleza Ozama), y poco después deportado hacia Saint Thomas.
Sin embargo, para septiembre de 1863 ya había regresado a Santo Domingo y se había incorporado a la heroica lucha que se libraba desde el Cibao para restaurar la República. Durante la guerra restauradora, Mella obtuvo sus más resonantes lauros militares.
A su genio militar corresponden las “Instrucciones para la Guerra de Guerrillas” que distribuyó el Ministerio de Guerra del gobierno restaurador, del cual Mella era titular. Es un conjunto de normas militares y consejos a los jefes de campaña del ejército dominicano sobre la clase de guerra que debían hacer a los españoles.
El 17 de marzo de 1864, de conformidad con sus múltiples méritos como soldado de la Patria, ciudadano ejemplar y patriota de firmes ideales nacionalistas, Mella fue electo para ocupar la Vicepresidencia del Gobierno Restaurador; posición que no desempeñó porque su salud, en esa ocasión, se hallaba muy deteriorada.
Postrado, en su lecho de muerte, tuvo la satisfacción de recibir la visita de su amigo y líder Juan Pablo Duarte, luego del regreso de este Patriota al país también para contribuir con su persona a la restauración de la República.
Mella entonces vivía en una casita, en muy mal estado, contigua al Fuerte de San Luis, en el pueblo de Santiago, de esas que fueron improvisadas luego del incendio que destruyó la ciudad, después de la batalla sostenida por restauradores y tropas españolas entre el 6 y el 14 de septiembre de 1863.
El ilustre General Ramón Matías Mella falleció el 4 de junio de 1864. De acuerdo con su voluntad fue sepultado envuelto en la bandera dominicana, en el cementerio de Santiago. Allí, en Santiago, permaneció sepultado hasta que, en 1891, por iniciativa de la Sociedad Hijos del Pueblo, sus restos fueron exhumados y trasladados a la Capilla de los Inmortales de la Catedral Primada de América, junto con de Sánchez y Duarte, Padres de la Patria.
El 27 de febrero de 1944, con ocasión de festejar el pueblo dominicano el centenario de la proclamación de la República Dominicana, los restos de los Padres de la Patria fueron trasladados a la Puerta del Conde, convertida en Altar de la Patria. Pero desde 1976 esas ilustres cenizas descansan en el imponente mausoleo construido en el Parque Independencia, en donde actualmente todos los dominicanos rinden tributo a la memoria de los insignes patricios Duarte, Sánchez y Mella.