En las elecciones del 15 de noviembre de 1899 resultó electo como presidente de la República Juan Isidro Jiménes y como vicepresidente Horacio Vásquez, quien fuera uno de los ajusticiadores de Lilís.

Para salir de la terrible situación económica que había heredado, el gobierno de Jiménes decidió despojar a la Santo Domingo Improvement Company del control aduanero, con el fin de saldar los compromisos económicos con los tenedores de bonos europeos, cuyos gobiernos amenazaban con enviar tropas para ocupar las aduanas y cobrarse por sí mismos las deudas, y que para tales fines enviaron barcos de guerra cerca de las costas dominicanas. Ante tal disyuntiva, el gobierno optó por buscar una salida negociada a la situación presentada, y luego de más de un año de negociaciones se arribó al acuerdo de que el gobierno mantendría las aduanas y pagaría el 40% de sus ingresos a los tenedores de bonos europeos.

La Santo Domingo Improvement Company no estuvo satisfecha con las decisiones respecto al control aduanero por el gobierno dominicano, y llevó su queja ante el Departamento de Estado de Estados Unidos, donde establecieron que las acreencias del gobierno dominicano con la Improvement Company ascendían a 11 millones de dólares.

El gobierno de Juan Isidro Jiménez rechazo y desconoció la deuda establecida por la Improvement Company, bajo el argumento de que esta había sido inflada y que habían el resultado de las actividades ilícitas del gobierno de Lilís.

Horacio Vásquez derroco en 1902 al gobierno de Juan Isidro Jimenez, y al igual desconoció la deuda con la Santo Domingo Improvement Company.

A finales de enero de 1903 el gobierno de Vásquez llegó a un acuerdo con la Santo Domingo Improvement Company, reconociéndole como deuda la cantidad de 4 millones 500 mil dólares.

Mientras el presidente Vásquez se encontraba en el Cibao tratando de contener una insurrección, motivada en gran medida por el carácter anti popular del acuerdo con la Improvement Company, en la capital, los lilisistas encabezados por  Alejandro Woss y Gil le dieron un golpe de Estado, del cual no pudo recuperarse su gobierno, que obligó que Vásquez se retirara a Santiago y renunciara a la presidencia en abril de 1903.

El gobierno de Woss y Gil fue derrotado a finales de 1903 por una alianza entre los seguidores Juan Isidro Jimenes y los de Horacio Vasquez. Esta alianza bautizada con el nombre de “revolución unionista”, fue encabezada por Carlos Morales Languasco

Sin embargo, Morales Languasco traicionó tanto a los jimenistas como a los partidarios de Horacio Vásquez. No celebró las elecciones que había prometido para celebrarse en enero de 1904.

Morales Languasco buscó el respaldo del gobierno de Estados Unidos, el cual ofreció apoyarlo a cambio de que este respetara e implementara los acuerdos a que se habían arribado con la Santo Domingo Improvement Company. Esta propuesta estadounidense fue aceptada por Morales Languasco, y a tal  efecto, se decidió que Estados Unidos nombraría como agente financiero a John T. Abbot, el cual se encargaría de garantizar que el gobierno dominicano no haría “ningún gasto ni ningún pago” de los ingresos aduanales de los más importantes puertos del país sin su consentimiento. En efecto, el agente Abbot era un alto funcionario de la Improvement Company.

El presidente Morales Languasco quería estar aun más cerca del gobierno estadounidense, en virtud de lo cual, le propuso al Departamento de Estado en marzo de 1904, la ejecución de un protectorado sobre la República Dominicana por cincuenta años, lo cual constituía una brutal agresión a la soberanía de la nación.

El presidente Theodore Roosevelt estuvo de acuerdo con la propuesta de protectorado, pero el Senado de Estados Unidos se opuso a esta, bajo el argumento de que ese proyecto no representaba el sentir del pueblo estadounidense.

Un año después de que el senado de Estados Unidos no acogiera su propuesta de protectorado, el gobierno de Morales Languasco, mediante un decreto que lesionaba la soberanía nacional, autorizó al presidente de los Estados Unidos, hacerse cargo de todas las entradas aduaneras del país, asumir el pago de las obligaciones internas y externas del gobierno, entregarle al gobierno dominicano el 45% de las recaudaciones aduanales para suplir los gastos corrientes, y el 55% restante dejarlo en manos del gobierno de Estados Unidos para pagar los empleados aduanales y amortizar el capital e intereses vencidos de la deuda interna y externa.